影响种子寿命的贮藏条件主要是水分和温度。其中水分因素包括种子含水量（MC）和种子贮藏环境的空气相对湿度（RH）。MC越高，呼吸作用越强，贮藏物质的分解越快，生活力丧失也越快。MC与RH密切相关。当RH增加时，MC随之上升。到一定程度便出现游离水，这时的种子含水量为“临界含水量”。当出现游离水时，种子内水解酶、呼吸酶等酶的活性异常旺盛。这种情况下，种子很容易丧失生活力。根据哈林顿（harrington 1960）提出的原则，种子含水量在5% ~ 14%的范围内每降低1%，其寿命便延长一倍。但种子对含水量降低有一个忍耐范围，而且不同种类的种子，这个范围值存在着差异（种子适宜含水量见本章第三节）。

温度是影响新陈代谢的主要因素之一。在低温状态下，种子细胞内代谢活动水平很低，物质和能量消耗少，细胞的衰老进程也很缓慢，因而可以长时期保持种子生活力。在高温状态下，情况则相反。因此，降低种子贮藏环境的温库便可延长种子寿命。这是低温种子库保存种子的主要依据。哈林顿认为在0 ~ 50℃范围内，温度每下降5℃，种子寿命即可延长一倍。

水分和温度这两个关键因素相辅相成。低温保存种子必须结合较低的含水量和空气相对湿度。因为高温状态下，即使在安全含水量的种子也会衰老得较快；而高含水量的种子在低温条件下可能会遭到伤害。种子对低温的适应性，主要取决于细胞液浓度。种子含水量低、则细胞液浓度高，在冷冻条件下受伤害的可能性小。低温种质库延长种子寿命，是在维持种子低含水量的前提下实现的。哈林顿认为，种子安全贮藏的指标应是空气相对湿度（％）+ 温度（℃）的和不超过100。