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苎麻不同组织总RNA的有效分离


  摘 要:从植物组织中提取总RNA是进行植物分子生物学某些方面研究的必要前提,通过选用5种不同的试剂,我们找到一种新的RNAplant分离试剂,可以很有效的提取苎麻叶、茎皮、雌花、果的RNA,且质量很好,可以进行cDNA的合成和RT-PCR等下游实验,并对不同试剂提取和多糖、多酚的去除进行了讨论.
  关键词:苎麻:RNA;提取:
  中图分类号:Q331
  文献标识码:A
  文章编号:1007-7847(2007)01.0021.04
  
  从植物组织中提取总RNA是进行植物分子生物学某些方面研究的必要前提,如进行Northom杂交分析,纯化mRNA以用于体外翻译或建立cDNA文库,RT-PCR及差示分析等分子生物学实验,都需要高质量的总RNA,目前常用于植物材料RNA提取的方法有胍法、热硼酸法,CTAB法、SDS法等,这些方法对于提取某些植物的总RNA是有效的,但对另外一些植物来说,却并不一定是好的方法,因为不同植物组织的细胞内外成分复杂多变,在使用某些方法提取RNA时会起干扰作用,如LiC1沉淀,或造成RNA的降解、丢失,或得到的RNA样品含杂质较多而干扰以后的分析研究工作,或者根本得不到RNA,原因是某些植物的组成成分和结构特点不同造成的,在结构上,一些植物具有更为坚硬的细胞壁,除了含有蛋白质、多糖等杂质外,同时含有更多的多酚化合物、木质素、纤维等物质,这些因素决定了这些植物组织RNA提取技术上的特殊性,
  苎麻(Boehmeria nivea(L.)Gaud)是荨麻目(Urticales)荨麻科(Urticaceae)苎麻属(Bochmeria)的多年生草本植物,起源于中国,苎麻主要以收获纤维为目的来栽培,还可以用来造纸,做饲料,生产工业酒精,以及入药等,苎麻含有大量的多糖,色素,酚类等物质,陈建荣使用Trizol试剂成功提取苎麻幼嫩茎段RNAt,程超华报道了CTAB法提取悬铃叶苎麻花序RNA的方法,但是我们通过大量实验,尝试了几种方法后,发现以上介绍的方法对苎麻组织的RNA提取时不是成本太高就是费时费力,本文使用一种新的RNAplant分离试剂,可以很有效的提取苎麻雌花、果实、叶片、茎皮的总RNA,且质量很好,可以进行mRNA的抽提、cDNA的合成、RT-PCR等下游实验,而且性价比较好,省时省力节约成本。
  
  1 材料和方法
  
  1.1 植物材料
  幼嫩的苎麻(Boehmeria nivea(L.)Gaudh)雌花、叶片、果实、茎皮都取自中国农业科学院麻类研究所“国家种质长沙苎麻圃”中地方品种的藤山鸡骨白,在8月上旬-9月中旬取样,每份材料都分装于5mL冻存管后立即放于液氮中,后取出放于零下80℃冰箱储存。
  
  1.2 用具的处理与溶液的配制
  所有用于RNA提取的用具的处理与溶液的配制均按文献[14]要求进行.1)RNAplant抽提液购自天根生物有限公司(DP407-1,TIANGEN);2)用DEPC处理的5mol/L NaCI;3)用DEPC水配置的75%酒精;4)用DEPC水配置的5mol/LKAc;5)新的无水乙醇;6)新的氯仿;7)新的异丙醇;8)Millipore 0.22 μm一次性过滤头;9)DEPC水;10)一次性注射器。
  
  1.3 总RNA提取步骤
  1)在10 mL无RNase离心管中加入5 mL抽提液,称取苎麻各部分材料各约0.5g,在液氮中迅速充分地研磨成粉末状,收集进10mL离心管中,迅速激烈振荡5min,室温平放5min,
  2)在4℃10000r/min离心5min.
  3)取上清到新的10mL无RNase离心管,重复第2)步。
  4)取上清到一次性注射器,用0.22μm一次性过滤头过滤
  5)测量过滤所得的上清体积,加入0.2倍体积5mol/L NaCl,混匀
  6)加入0.6倍体积氯仿,上下颠倒混匀,
  7)4℃10000r/min离心30min,取上层水相到新的无RNase离心管。
  8)加入0.9倍体积的异丙醇,混匀,室温放置10min。 9)4℃10000r/min离心30min,弃掉上清,注意不要倒出沉淀,加入5~10mL 75%乙醇,
  10)4℃10000r/min离心5min,小心倒出液体,注意不要倒出沉淀,剩余少量液体可再次离心收集,然后用枪头吸出弃掉。
  11)加入70μL无RNase水,吹打几次溶解RNA,-70℃保存。
  
  1.4 RNA质量分析
  取4μL RNA溶液用无RNase水稀释100倍后,使用UNICAM Heλios-α型核酸蛋白仪进行A260和A250的测定,以A260计算RNA的浓度(当A260=1时相当于40mg/L的RNA),以A260/A280的比值评估RNA的纯度。
  
  1.5 RNA的琼脂糖电泳检测
  取5μL所得的RNA,加1μL6×loadingbuffer后于1.2%的琼脂糖胶上电泳,电压为6V/cm,电泳15-20min后,凝胶成像仪照相分析(最好是变性胶)。
  
  1.6 RT-PCR分析
  用Oligo(dT)18为引物在TIANGEN公司的M-MLV Reserse Transcriptase的作用下合成第一链cDNA,对苎麻不同部位材料合成的cDNA利用NCBI公布的苎麻ACTIN基因的mRNA序列,用Primer premier5.0软件设计一对特异引物(P1:5-GCTCCGTFGAACCCTAAG-3’和P2:5’-GCTCCGATFGTGATGATTT-3’)进行PCR实验,理论扩增片段420bp,反应程序是94℃2min;94℃45s,55℃45s,72℃45s(30个循环);72℃5min结束PCR。
  
  2 结果分析
  
  2.1 4种苎麻组织RNA的紫外吸收测定结果(见表1)
  
  从提取的4个不同组织的紫外吸收值看,利用RNAplant提取的苎麻4个组织得的RNA都达到了分子生物学实验的要求,蛋白和多糖等污染较少,可以进行下游实验,而且对于不同的组织所提的质量和数量略有不同,每克材料以叶片得到的RNA量最多也最好,其次是茎皮,然后才是雌花和果实,这是因为在雌花和果实中多糖和酚的含量大大增加的缘故。
  
  2.2 RNA的琼脂糖电泳检测
  图1是使用RNAplant提取的苎麻叶片、茎皮、雌花和果实的RNA非甲醛变性琼脂糖凝胶电

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