“是动物，还是植物？”这一问题暗含的意思是：生物要么是植物，要么是动物，历史上生物学家们也曾持这种观点。他们曾把蘑菇等真菌植物归类为植物，认为它们是“不进行光合作用的植物”。随着显微镜的发明和改进，人们对微观世界有了新的认识，更小的微生物出现了，简单地把这些物种归类到植物或者动物，已经不能满足要求……
　　
　　微观生命
　　安东尼·冯·列文虎克（1632～1723年）
　　
　　列文虎克是一位了不起的业余科学家。他制造的单片显微镜的放大倍数超过250倍，使他看到了前人从未见过的东西。从1673年起，他给皇家学会和法国科学院写了不下400封信，告诉他们水里充满着“纤毛虫”，向他们介绍肌肉、神经、骨骼、牙齿和头发的细节、红血球细胞、植物细胞，还有67种昆虫的微妙结构。最了不起的是，他于1683年在自己的嘴里发现了细菌，比其他科学家早了一个多世纪。
　　列文虎克从1671年起开始研究制作简单的放大镜的技术，一生发明了400多种透镜。他只能读懂荷兰语，因此他努力研究当时其他显微镜专家，如罗伯特·胡克(第一个用“细胞”来描述软木上的“气孔”的人)和马西罗·马尔丕基原著的插图。他制造的显微镜清晰度和放大倍数都很高，其优越性一直持续到19世纪复合式显微镜的技术缺陷被克服的时候。
　　
　　细胞理论
　　鲁道夫·菲尔绍（1821～1902年）
　　
　　科学家们一直在寻求一种较小的生物分析单位。基奥范尼·巴体斯塔·莫尔加尼认为疾病位于人体的某一个具体的器官(1761)，而玛丽·弗朗西斯·萨费尔·比沙则强调疾病存在于组织中心(1799)。虽然当时人们已经认识了细胞，但是还没有发现其重要性。直到1839年西奥多·席万提出细胞理论之后才改变了这种状况。席万认为细胞是所有动物和植物的结构和功能的组成部分，并且所有的生命都源自单个的细胞。
　　细胞理论要归功于德国病理学家鲁道夫·菲尔绍1858年出版的《分子病理学》。在书中他强调：细胞来自细胞，再生细胞。19世纪下半叶，人们普遍认为分子呈连续性分布。与政治相比，他认为细胞生活在“细胞民主制”或“细胞共和国”的世界里。他进一步指出所有疾病都是因为细胞内正常生理活动受到干扰引起的，当非正常的细胞不停地侵犯有机体的时候，便形成了肿瘤。菲尔绍还根据血凝块的形成机理解释癌细胞向远处的器官扩散的原理。这些不受约束的癌细胞在分子生物学上有了全新的解释，癌是遗传机制中控制细胞分布的机能失控，克隆出的变形细胞。
　　
　　微生物理论
　　路易斯·巴斯德（1822～1895年）
　　
　　几个世纪以来尽管不少人怀疑病原体中微生物所起的作用，人们一直认为传染病是由于瘴气引起的。1878年，法国化学家路易斯·巴斯德成功地将微生物分离出来。经过一系列的重大实验之后，他发现氨基酸腐烂、传染都是由于活细菌污染引起的。活细菌是导致这一过程的起因而不是后果。这一研究马上产生巨大的实用价值：由于查出传染蚕茧的微小寄生菌挽救了法国的一家丝绸厂。自从引进了巴斯德灭菌法防止酒发酸，法国的酿酒企业呈现一派繁荣景象。微生物理论在接种预防动物炭疽病和人类狂犬病方面都有很好的效果。
　　巴斯德认为微生物普遍会导致疾病，德国乡村医生罗伯特·科赫证实了某种微生物会引起某种具体的疾病。19世纪80年代，科赫运用实验室里的显微照相等技术识别并分离出引起结核病和霍乱的芽孢杆菌等微生物。他总结出疾病与微生物之间的联系，认为微生物必须隔离和保存在纯培养状态中。培养出的微生物在动物身上做实验并使其感染的组织康复。
　　无菌手术扩大了巴斯德微生物理论的应用范围。研究了巴斯德有关腐烂和传染的文章之后，英国外科医生尤塞夫·利斯特认为脓毒病是由于细菌感染引起的。1867年，他开始使用著名的消毒剂浸泡仪器和卫生衣。三年后他研制出石炭酸喷剂，为了避免手术伤口感染细菌，外科医生在实施无菌手术时纷纷使用这种喷剂。
　　
　　发现病毒
　　马提那斯·贝杰林克（1851～1931年）
　　
　　微生物理论的创始人意识到细菌并不是惟一能够引起疾病的有机物。路易斯·巴斯德没有发现引起狂犬病的介质，只是推断说这可能是显微镜观察不到的细菌造成的。
　　1895年荷兰植物学家马提那斯·贝杰林克关注阻碍烟苗生长并使烟叶长出斑点的烟草斑病。他先是把染病的烟叶磨碎，再用陶瓷过滤器将烟叶过滤，这样过滤出的汁液还会感染健康的烟叶。他发现感染媒介既不能培养出来又不能用化学或者高温的方法杀死。它也不是某种毒素，因为它能够迅速成倍地繁殖。这种被他称作病毒的介质只能在遗传细胞中生长繁殖。马提那斯·贝杰林克为自己的发现感到震惊，并于1898年发表了自己的研究结果。同年，弗里德希·勒夫勒和保罗·弗洛士发现引起动物口蹄疫的病毒；1901年，人们发现了首例病毒引起的人类疾病黄热病；1909年佩顿·劳斯发现第一个肿瘤病毒。
　　
　　生命的五界
　　罗伯特·哈丁·惠特克（1920～1980年）
　　
　　“是动物，还是植物？”这一问题暗含的意思是：生物要么是植物，要么是动物，历史上生物学家们也持这种观点。
　　生物学家们在17世纪发现了越来越多的微观生命形式，这些生命形式被迫归为植物或动物一类。有些微生物可以进行光合作用：它们被定义为藻类，分在植物组。其他微生物似乎更像动物：它们被定义为原生动物，分在动物组。19世纪生物学家们发现了更小的微生物——细菌，但没有人能设法将其定义为动物或植物。
　　至20世纪，生物学家们认识到并不是所有生命都可归为动物与植物，但直到1969年人们才彻底摒弃了旧观点。当时，美国生态学家罗伯特·惠特克提出了五界分类法。他把生命分为动物、植物、真菌、原生生物和细菌。动物、植物、真菌和原生生物是“真核生物”，由具有独特细胞核的多个细胞组成。细菌是“原核生物”，其单细胞没有独特的细胞核。惠特克的分类对人们触动很大。真菌与植物无关，的确它们与动物的关系更密切。
　　后来的研究修改了惠特克的分类。有些生物学家更喜欢把原生生物分为两界或更多界。最重要的发展是卡尔·伍斯发现原核生物不是一组，是两组，即原始细菌和细菌。